W obszarze Beskidu Niskiego funkcjonuje Magurski Park Narodowy, Jaśliski Park Krajobrazowy, 14 rezerwatów przyrody oraz 12 obszarów Natura 2000.

• Magurski Park Narodowy (19 439 ha) – powstał w 1995 roku wraz z otuliną o pow. 22 697 ha. Ponad 90% jego powierzchni zajmują lasy, głównie zbiorowiska buczyny karpackiej i rzadkie w polskich Karpatach lasy jaworowe. Istnieją tu trzy obszary ochrony ścisłej: „Magura Wątkowska” (1189 ha), „Kamień” (378 ha) i „Zimna Woda” (841 ha), rezerwat skalny „Kornuty” i pomnik przyrody „Diabli Kamień”. Wśród roślin 59 gatunków objętych jest ochroną ścisłą, 11 częściową, a 12 znajduje się na „czerwonej liście” roślin zagrożonych wyginięciem w Polsce. Fauna reprezentuje kilkadziesiąt gatunków ssaków, w tym szczególnie cenne nietoperze, 117 gatunków ptaków, chronione gady, płazy i owady.

• Jaśliski Park Krajobrazowy (29 911 ha) – powstał w 1992 roku i stanowi wschodnią otulinę MPN. 65% powierzchni zajmują lasy głównie buczyna karpacka. Osobliwością jest unikatowe w skali Karpat zbiorowisko jaworzyny górskiej – lasu, w którym dominują jawory i wiązy, a w runie występuje bardzo rzadka paproć – zanokcica języcznik. Charakterystycznym elementem są zespoły łąkowo-pastwiskowe nieistniejących wsi.
• Rezerwaty Beskidu Niskiego to: „Cisy w Mogilnie”, „Cisy w Wyskitnej”, „Jaworzyna na  Chełmie”  „Jelenia Góra”, „Kornuty”, „Kozie Żebro„, „Łysa Góra”, „Markowiec-Gródek”, „Wadernik”, „Igiełki”, „Modrzyna”, „Cisy w Nowej Wsi”, „Rezerwat Tysiąclecia na Cergowej Górze”, „Przełom Jasiołki”, „Kamień nad Jaśliskami”, „Źródliska Jasiołki”, „Bukowica” i „Kamień nad Rzepedzią”.
• Obszary Natura 2000 w Beskidzie Niskim to: „Ostoja Magurska”, „Ostoja Jaśliska”, „Ostoje Nietoperzy Powiatu Gorlickiego”, „Łysa Góra”, „Źródliska Wisłoki”, „Biała Tarnowska” (niewielki fragment), „Ostoja Popradzka” (niewielki fragment), „Rymanów”, „Trzciana”, „Osuwiska w Lipowicy”, „Jasiołka” oraz ostoja ptasia „Beskid Niski”.